Die Geschichte der Katholischen Kirche in Japan ist eine Geschichte der Märtyrer. Genaue Zahlen über die Anzahl Frauen und Männer, die für ihren Glauben getötet wurden, sind nicht bekannt. Die Kirche hat rund 400 Märtyrer selig- und 42 heiliggesprochen.

In den ersten Jahrzehnten seit der Ankunft der ersten Missionare in Japan blühte die Kirche auf. Doch aufgrund politischer Unstimmigkeiten wurde 1587 ein Ausweisungsedikt für ausländische Missionare erlassen. Die Christenverfolgung wurde immer heftiger und der christliche Glaube schliesslich 1615 in ganz Japan verboten.

Zu den ersten Gläubigen in Japan, die für ihren Glauben starben, gehören Paul Miki und 25 weitere Katholiken, die am 5. Februar 1597 in Nagasaki hingerichtet wurden, darunter Felipe de Jesús.

Felipe de las Casas wurde 1572 in Mexiko-Stadt als Sohn einer wohlhabenden und tief religiösen spanischen Familie geboren. Es wird überliefert, dass er ein wildes und schelmisches Kind war. Vor dem Haus stand ein verdorrter Feigenbaum. Als sein Kindermädchen eines Tages genug von seinen Faxen hatte, soll sie gesagt haben: «Felipe ein Heiliger? Nur wenn der Feigenbaum wieder grüne Blätter trägt.

In jungen Jahren trat Felipe bei den Franziskanern ins Noviziat ein, das er aber bald wieder verliess; sein Mangel an Disziplin machte ihm das religiöse Leben schwer. Er führte eine Zeit lang ein weltliches Leben. Seine Familie schickte ihn auf die Philippinen, damit er einen guten Beruf ergreifen und menschlich reifen sollte. Doch auch hier führte er zunächst ein ausschweifendes Leben, bis ihm das Geld ausging und seine Freunde ihn verliessen. Dies führte anscheinend zu einer inneren Umkehr. Überraschend trat er als Novize in den Orden der Franziskaner ein.

Es wurde abgemacht, dass er vor der Priesterweihe sein Studium in Mexiko beenden sollte. 1596 bestieg er ein Schiff Richtung Acapulco, auf dem auch eine Gruppe von Franziskanermissionaren waren, doch ein Sturm lenkte das Schiff nach Japan um, wo es Schiffbruch erlitt. Die Franziskaner begannen hier ihre Mission, die zunächst erfolgreich war, doch dann wurden Felipe und seine Begleiter gefangen genommen. Zusammen mit 25 anderen, darunter sechs franziskanische Missionare, drei japanische Jesuiten und 17 japanische Laienchristen, wurde Felipe wegen der Verbreitung des Christentums zum Tode verurteilt. Am 5. Februar 1597 wurden sie auf einem Hügel ausserhalb Nagasakis gekreuzigt.

Zeugenaussagen zufolge vergab Felipe seinen Henkern und legte nochmals Zeugnis für seinen Glauben ab. Seine letzten Worte waren: «Jesus, Jesus, Jesus.»

Zur gleichen Zeit begann in Mexiko-Stadt der Feigenbaum vor seinem Elternhaus zu blühen. Das Kindermädchen sah, dass der Feigenbaum neue Triebe hervorbrachte, und rief aus: «Felipillo ist heilig, Felipillo ist heilig!»
Der Feigenbaum, der auch noch 400 Jahre später lebte, wurde verpflanzt und an verschiedenen Orten vermehrt.

Zusammen mit seinen Gefährten wurde Felipe von Jesús am 14. September 1627 selig- und am 8. Juni 1862 heiliggesprochen und war damit der erste heiliggesprochene Mexikaner.

Unter den weiteren Märtyrer waren drei Jesuiten:

Paul Miki (* 1565) entstammte einer wohlhabenden japanischen Familie, die den katholischen Glauben annahm. Er wurde von Jesuiten unterrichtet und trag mit 22 Jahren dem Orden bei. Er war ein begnadeter Redner und konnte viele Menschen vom Glauben überzeugen.

Diego Kisai (* 1533) wurde erst spät getauft. Er heiratete eine ebenfalls zum Christentum bekehrte Frau; mit ihr hatte er ein Kind. Doch seine Frau kehrte zum buddhistischen Glauben zurück, worauf er sich von ihr trennte und sein Kind in einer christlichen Familie unterbrachte. Er fand bei den Jesuiten zunächst Arbeit als Hausdiener, später wurde er von ihnen als Katechist ausgebildet. 1596 schloss er sich als Bruder dem Orden an.

Johannes de Gotō (* 1578) wurde als Sohn christlicher Eltern geboren. Mit 15 Jahren bat er um Aufnahme in die Gesellschaft Jesu, wirkte aber zunächst als Katechet in Osaka.

Die drei Jesuiten wurden im Dezember 1596 in Osaka verhaftet und in das heutige Kyoto gebracht, wo sie gemeinsam mit sechs Franziskanern und weiteren 15 japanische Christen gefangen gehalten wurden. Sie wurden zum Tod durch Kreuzigung verurteilt; das Urteil sollte aber nicht in Kyoto vollstreckt werden, sondern in Nagasaki. Die Gefangenen mussten die Strecke von rund 1000 Kilometern im kalten Winter zu Fuss und ohne Schuhe bewältigen. In den Dörfern wurden sie beschimpft und ausgelacht. Die Gläubigen blieben ihrem Glauben treu und predigten unterwegs zu den Menschen. Zwei Christen, die sich während des Marschs um die Verurteilten kümmerten, wurden ebenfalls gefangen genommen und zum Tod verurteilt.

Japan erlebte viele Märtyrer, darunter die «205 Märtyrer von Japan» und die «188 Märtyrer von Nagasaki». Auch Thomas Tsuji und seine Gefährten bezeugten ihren Glauben bis in den Tod.

Thomas Tsuji kam 1570 in Sonogi bei Nagasaki zur Welt. Er wurde von Jesuiten unterrichtet und trat mit 19 Jahren selbst dem Orden bei. Nach seiner Priesterweihe war er als Prediger tätig, doch wegen seiner rigorosen Beurteilung seiner Mitchristen wurde er in den Norden Japans versetzt. Als die christliche Religion 1614 verboten wurde, ging Pater Tsuji zunächst zusammen mit seinen Mitbrüdern ins Exil nach Macau (China). Aber vier Jahre später kehrte er als Händler verkleidet nach Japan zurück und wirkte im Untergrund als Priester. Doch kurz darauf verliess ihn angesichts der Folterungen und Hinrichtungen so vieler Christen den Mut. Er bat um die Entlassung aus dem Orden, die Ende 1619 erfolgte. Aber schon wenig später bereute er seinen Entscheid und bat um die Wiederaufnahme in den Orden. Die Ordensoberen verlangten eine Probezeit von sechs Jahren, in denen er zeigen sollte, dass seine Reue aufrichtig war. Das bewies er, indem er sich in den folgenden Jahren unter Todesgefahr eifrig für die verfolgten Christen einsetzte. 1626 wurde er wieder in die Gesellschaft Jesu aufgenommen und nach Nagasaki versetzt. Dort gewährten ihm Ludwig Maki und sein Sohn Johannes Unterschlupf. Am Morgen des 21. Juli 1626 wurden die drei verhaftet, als sie zusammen die Heilige Messe feierten.

Während seiner einjährigen Haftzeit besuchten Familienangehörige Pater Tsuji und versuchten ihn zu überreden, dem Glauben abzuschwören. Doch er blieb Christus treu. Am 7. September 1627 wurde Pater Thomas Tsuji zusammen mit Ludwig und Johannes Maki auf einem Scheiterhaufen verbrannt – auf dem Hügel, auf dem bereits Paul Miki und seine Gefährten für ihren Glauben gestorben waren. Ihr Gedenktag ist der 7. September.

Diese Liste der Frauen und Männer, die in Japan für ihren Glauben gestorben sind, ist nicht abschliessend, da entsprechende Aufzeichnungen fehlen.