Die Geschichte des Christentums in Japan begann mit dem heiligen Franz Xaver, der 1549 mit drei weiteren Jesuiten nach Japan kam. In den folgenden Jahrzehnten nahmen mehrere Hunderttausend Japaner den katholischen Glauben an; dies war vor allem ein Werk der ersten christlichen Familien, die andere Familien für ihren Glauben gewinnen konnten. Die Küstenstadt Nagasaki wurde zu ihrem Zentrum.
Im Jahr 1579 kam der Jesuit Alessandro Valignano (1539–1606) in Japan an. Er war ein hochgebildeter Priester und ein grosser Missionar: Ihm war bewusst, dass die Jesuiten die Sprache und Kultur der Japaner erlernen mussten, um sie zu evangelisieren; so schrieb er ein Handbuch, das grundlegend für die Missionare in Japan wurde. Da z. B. die Teezeremonie in Japan hohes Ansehen genoss, ordnete er an, dass in jeder Jesuitenniederlassung ein Raum für diese Teezeremonie eingerichtet wurde. Dank dieser der Inkulturation verpflichteten Missionspolitik konvertierten auch japanischer Intellektuelle und Fürstenfamilien zum christlichen Glauben oder zeigten grossen Respekt vor dieser neuen Religion.
Auch der Jesuit João Rodrigues (1561–1633) sprach fliessend Japanisch und wurde deshalb als Dolmetscher bei Gesprächen mit den Herrschenden eingesetzt. Er stellte wichtige Nachschlagewerke zusammen, darunter eine japanische Grammatik, ein japanisch-portugiesisches Wörterbuch, eine Missionsgeschichte und eine Einführung in die japanische Kultur.
Verflechtung von Mission und Kolonialpolitik
In dieser Zeit herrschten ein paar wenige Mächtige über die Bevölkerung, die ihrerseits keine Rechte hatte und deren Leben nichts galt. Der christliche Glaube, wonach jeder Mensch ein Geschöpf Gottes und deshalb wertvoll ist, wurde deshalb von den Mächtigen als Gefahr angesehen.
Die Missionierung wurde von handfesten wirtschaftspolitischen Interessen der Herkunftsländer der Missionare überlagert, teils gar behindert. Portugal und Spanien hatten die Länder unter sich aufgeteilt; Japan fiel in die Sphäre Portugals. Damit war Spanien nicht einverstanden, denn das ausschliessliche Recht, das Christentum in Japan zu verbreiten, bedeutete das exklusive Recht, mit Japan Handel zu treiben. So kamen später spanische Franziskaner und auch Dominikaner über Manila nach Japan. Sowohl die Portugiesen wie auch die Spanier versuchten Einfluss zu erlangen. Da der Katholizismus ein Gegengewicht zu den buddhistischen Klöstern bildete, die ihrerseits Einfluss zu nehmen versuchten, wurde er von den Regionalherrschern toleriert oder gefördert.
Der im 6. Jahrhundert in Japan eingeführte Buddhismus beteiligte sich aktiv an militärischen und politischen Auseinandersetzungen und hatten grosse Macht. Dabei war der Tempel «Berg Hiei» das geistige und organisatorische Zentrum; er verfügte über ein landesweites Netz von Klöstern und Schreinen, die auch anderswo als lokale Machtzentren agierten. Daneben gab einzelne buddhistische Sekten, die ganze Provinzen unter ihre Kontrolle gebracht und dort eine Art gottesstaatliches Regime errichtet hatten. All dies war den Herrschenden, die ein vereinigtes Japan anstrebten, ein Dorn im Auge.
Als die Macht der buddhistischen Klöster gebrochen wurde, verlor das Christentum für die Regionalherrscher an Bedeutung. Ausserdem hatten sich die portugiesischen Kaufleute durch ihre Preispolitik unbeliebt gemacht.
1587 erliess Toyotomi Hideyoshi, ein General und Politiker, der die verschiedenen kleinen Herrschaftsgebiete Japans zu einigen versuchte, ein Ausweisungsedikt für die Missionare. Aus wirtschaftlichen Gründen wurde dieser Erlass zunächst aber kaum durchgesetzt. Als jedoch ein spanischer Kapitän in Hideyoshis Gegenwart damit prahlte, dass die Spanier zuerst Missionare in ein Land sandten, um es später mit Waffengewalt zu erobern, war es mit der Duldung der Missionare vorbei. Aus Angst vor einem möglichen europäischen Einfluss liess Hideyoshi 1597 drei japanische Jesuiten, sechs spanische Franziskaner-Tertiare und 17 japanische Christen durch Kreuzigung hinrichten: die «Märtyrer von Nagasaki» oder auch «Paul Miki und Gefährten». Diese ersten Märtyrer der Katholischen Kirche in Japan wurden 1862 von Papst Pius IX. heiliggesprochen.
Die Christenverfolgung nahm zu. Dabei «experimentierten» die Herrscher mit immer grausameren Formen der Folter und des Mordes: Christen wurden gekreuzigt, bei schwacher Hitze verbrannt, in heissen Quellen lebendig gekocht, zersägt oder auch kopfüber in einer Grube voller Exkremente aufgehängt. Christen konnten sich retten, indem sie ihrem Glauben abschworen und als Zeichen dafür auf die «Fumie» (Bilder mit christlichen Motiven) traten.
Ausweitung der Verfolgung
Unter der Herrschaft von Tokugawa Ieyasu (ab 1603–1616) kam es zunächst nochmals zu einer Phase der Toleranz, war er doch am Handel mit den Portugiesen interessiert. Durch die Ankunft von immer mehr europäischen Protestanten (Holländer und Engländer) verloren die Portugiesen ihr Handelsmonopol; Tokugawa Ieyasu brauchte die Katholiken nicht mehr. Zugleich erfuhr er so vom Religionsstreit zwischen Katholiken und Protestanten. Da er selbst versuchte, Japan zu vereinigen, wuchs sein Misstrauen gegenüber den Europäern.
1609 wurden in Kyushu Dominikaner verhaftet und nach Nagasaki gebracht. Einige von ihnen wurden hingerichtet, die anderen des Landes verwiesen. 1612 verbot Tokugawa Ieyasu den römisch-katholischen Glauben in seinem Herrschaftsgebiet, 1615 dann in ganz Japan. Am 14. Mai 1614 fand die letzte Prozession durch die Strassen von Nagasaki statt. In Nagasaki, das auch das «Rom Japans» genannt wurde, gab es damals bereits zehn Kirchen und auch eine religiöse Frauengemeinschaft sowie zwei Krankenhäuser. Die Mehrheit seiner Einwohner waren Christen.
Während der weiteren Verfolgung wurden Kirchen zerstört und Gläubige hingerichtet, so z. B. am 10. September 1622 als beim «Grossen Genna-Martyrium von Nagasaki» (liturgisch «Sebastian Kimura und Gefährten») 56 Missionare und christliche Laien – Dominikaner-, Jesuiten- und Franziskanerpriester, Seminaristen und Ordensbrüder sowie Ehemänner, Ehefrauen und Kinder, das jüngste war drei Jahre alt – der Verfolgung zum Opfer fielen.
Trotzdem kamen 1623 neun Missionare, darunter drei Dominikaner, aus Manila nach Japan. Bis 1634 wurden alle verhaftet und hingerichtet.
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